常規水稻自留種種植有利有弊，自留種除了能夠降低一些用種成本外，再沒有其它優點！但是，降低的成本是微小的，損失的利潤會很大！種水稻自留種弊大于利！
水稻自留種最嚴重的問題就是品種退化。一個常規的水稻品種，不會永遠保持優良種性的。繁種單位每年都在提純復壯，根據固定品種的一些固有的優良特性，進行定向復壯，去掉品種的劣勢使品種更加純化，更具有抗逆性！
一個固定品種自留種，每年都在退化！有些水稻品種會越種越減產！主要原因就是品種退化，抗病性嚴重下降，植株高低不齊，很容易早衰，造成水稻減產！退化嚴重的水稻，每年會減產５~１０%。
水稻品種退化，主要表現在以下幾個方面：
０１、水稻出現返祖現象
水稻田常出現一些紅毛和白毛的水稻，就是品種變異！是水稻品種退化的一種現象。有的變異稻會像草一樣年年自生，它既能潛伏在土壤里，也能潛伏在種子中，無法根除！減產嚴重！
０２、自留稻種退化水稻高低不齊
自留種水稻出現高低不齊現象，這也是一種退化現象！今年自留種來年再種，就可能會有一部分水稻出現高低不齊現象，而且空癟粒兒增加，就是品種退化所致。退化的水稻不整齊，對水稻群體的正常生長和光合作用有很大影響，會造成一定程度的減產。
０３、自留種會使水稻病害增加
首先，自留水稻種會使水稻抗病能力下降，降低水稻品種使用年限；其次，自留的水稻種子，會增加稻瘟病、惡苗病、稻曲病和胡麻斑病等多樣種傳病害的發生幾率，就可能會造成水稻病害流行。
０４、自留種會加重水稻蟲害
有些害蟲對同一品種的危害有趨向性和適應性，也就是一些害蟲群體愿意吃某些品種的水稻，或者說某些水稻對它比較適口！今年地里發生某些害蟲。自留種種植后，來年這些蟲害在這塊地的危害程度就可能加重。
０５、自留種會造成水稻營養失調
一個水稻品種，對一些營養元素是有專愛的。就像人一樣，總愛吃一種食品，就會造成營養失調。同一品種的水稻，對某些營養消耗也有偏愛，特別是長勢強的水稻，對某些營養的偏好更大，比如有些品種喜氮、有些品種喜磷、有些品種喜鉀、有些品種偏好中微量元素。一個品種喜好一些營養元素，就會對這些營養元素消耗過大！不了解它消耗哪些微量元素，就很難補充，會造成營養失調！今年種的水稻消耗某種微量元素過大，自留種來年在這塊地種植，就可能缺少某種元素而造成水稻抗病力下降、生長力下降，從而造成減產。
０６、自留種使田里的同種毒素增加
水稻自留種連年種植，會增加土壤中同種毒素的積累。土壤中積累過多的同種毒素，會影響水稻生長，造成水稻減產。
０７、自留種很容易造成機械混雜
自留種量都很小，很容易在收割時清倉不凈，造成機械混雜，逐漸加重種性雜化導致水稻減產！
水稻自留種種植，出現以上哪一種不利因素，造成的水稻減產損失，都比省下的種子費用大得多！
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